两年前的小镇，外星猎者一举歼灭逃亡地球的小魔怪，两年后幸存的一批魔蛋，却被不知情的镇民作成复活节蛋。阳光下小魔种纷纷破壳而出，张口便吃人狗牲畜，小镇变成血腥遍地，恍如鬼域。这回，外星猎者会再援救他们，还是阵毁人亡，从此再地图上消失？在太空中的一个荒凉星球上，变形赏金猎人乌格和李以及他们的人类同伴查理·麦克法登寻找一种邪恶的蠕虫状生物。杀死野兽后，他们离开了星球。不久之后，他们接到了高级议会主席赞蒂的新任务。他告诉他们小动物仍然在地球上并且必须被消灭。这样，他们就设定了前往地球的航线。乌格注意到查理沉思，询问发生了什么事。查理表示他不愿意在两年后回去，并担心地问他们是否会把他留在那里。乌格向他保证他们没有这样的意图。回到地球后，现年 15 岁的布拉德·布朗 (Brad Brown) 正在格罗弗弯 (Grover's Bend) 探望他的祖母，消息很快传遍了全镇，这意味着他在第一部电影的事件后变得家喻户晓。赏金猎人到达后不久，小动物袭击了一名装扮成复活节兔子的男子，并杀死了他。没有人知道是小动物袭击了他，因为他的死亡归因于一场农业事故。最终，小动物们开始对小镇进行恐怖袭击，并且数量不断增加，从而让自己出名。李被小动物杀死并吞噬，导致乌格陷入深深的抑郁并恢复到他的外星形态。镇上剩下的人制定了一个计划。随着乌格变形为小动物，他们带领小动物们来到一家汉堡工厂，试图炸毁它们，但失败了，小动物们重新出现，聚集成一个大球，并开始前往教堂。就在他们到达目的地之前，查理驾驶乌格的宇宙飞船直接飞向他们，成功摧毁了小动物，并似乎牺牲了自己。乌格随后模仿了查理的面部特征，以纪念他的勇敢。第二天，当布拉德离开时，据透露查理是通过使用降落伞幸存下来的。他留在地球上，成为小镇的警长。乌格乘坐一艘新的宇宙飞船出发，仍然穿着查理的伪装。

　　不论扑杀它们多少次，外星怪物总是能卷土重来。航天飞机又发现一窝怪异的蛋，这次，它们不仅要吃掉它们看到的所有人、所有东西，它们还要进一步，侵略你的空间。接上上一部电影的结尾，查理·麦克法登被乌格发来的全息图信息阻止，阻止他毁掉两个葵特蛋，乌格告诉他这些蛋是现存的最后两个，销毁它们将违反星际法律。查理不情愿地听从了乌格的命令，去把鸡蛋放进突然从天上掉下来的保鲜盒里。然而，在这样做的同时，舱门在他身上关闭，查理被发射到太空，在此过程中被深度冷冻。半个多世纪后，2045 年，打捞船 RSS Tesla的船员在深空发现了这个吊舱并将其带上船。这艘船的船员是阴暗好色的船长里克·布特拉姆，以及他古怪的工程师艾尔·“阿尔伯特”·伯特、飞行员弗兰和货运专家伯尼。和年轻的工程师学徒伊森。在报告他们的发现后，这艘船收到了 TerraCor 议员 Tetra 的通讯，如果 Buttram 将吊舱带到附近的车站，他会向 Buttram 提供三倍的现行价格。船员们接受并决定前往空间站，却发现该设施已被遗弃，唯一的生命迹象是一台名为“安吉拉”的故障中央计算机，它只在收到完全相反的指令时才服从命令。伊森后来偶然发现瑞克在篡改吊舱，瑞克说他计划把里面的东西据为己有，而把其他人留在后面。伊森表示不满，瑞克在他设法打开吊舱之前用灭火器将他打昏。在其中，他遇到了查理，查理迅速跳了出来，然后瑞克被新孵化的克里特攻击并杀死。克里特人逃跑后，查理救活了伊森，然后他最终与其他船员会面。查理解释了他的身份，并警告船员有关克里特人的事情，但伯尼拒绝相信他并扬长而去。伊森随后使用他之前找到的电脑钥匙卡访问了麦考密克博士的报告，麦考密克博士透露她正在对各种外星生物体进行研究，以用作生物武器。然而，她的创造物无法自行繁殖，她要求找到一种能够快速繁殖的合适有机体。在意识到空间站上发生的事情后，艾伯特强烈建议他们立即离开。后来，伯尼在车站的药房里被克里特人袭击并杀死。在其他人找到他的遗体后，安吉拉宣布反应堆正在泄漏辐射，并将在数小时内达到临界状态，并开始封锁空间站的部分区域。船员们后来发现了一堆刚产下的鸢尾蛋，并得知鸢尾正在繁殖。与此同时，克里特人前往特斯拉并编程这艘船前往最近的有人居住的星球——地球。一只 Krite 去取回蛋，而其余的则准备船起飞。随后，机组人员到达并遇到了克里斯特，查理射杀了他们，但在此过程中无意中摧毁了飞行控制装置。当船员们试图修复这艘船时，伊森亲自出发去追捕最后一只克里斯特，并发现它使用科学实验室的设备迅速将几只小克里斯特成长为完整尺寸。就在一艘泰拉科船抵达时，伊森跑去警告其他人，船上载着泰特拉、乌格和其他士兵，他们用枪指着幸存的船员。泰特拉索要紫水晶蛋，当艾伯特试图顶嘴时，泰特拉开枪打死了他。查理对乌格突然改变阵营表示失望，乌格对此表示“事情发生了变化”，并命令他的部队去找鸡蛋。伊森秘密目睹了阿尔伯特的谋杀，跑回科学实验室，让安吉拉将部队困在滑动门后面，为部队设置了陷阱，随后克里特人袭击并杀死了他们。伊森随后从隧道中取回了三枚葵鸟蛋，并故意在泰特拉面前打破了其中两枚。愤怒的泰特拉威胁要杀死弗兰，但伊森扔出了最后一个鸡蛋来分散注意力，随后弗兰用伊森的左轮手枪将泰特拉打昏。查理和弗兰冲上泰特拉的船逃跑，但伊森在一只鸢鸟攻击他时分心，迫使他用燃油软管将其冻结。泰特拉突然出现，用枪指着他，但查理救了他，并向泰特拉的头部开了一枪，幸存者在空间站爆炸前几秒钟设法逃脱，当查理、弗兰和伊森驾驶他们的飞船飞往地球时，克里特人灭绝了。